Správce daně má povinnost zohlednit okolnosti svědčící ve prospěch daňového subjektu, přestože je sám zjistí v rámci daňové kontroly.

Nejvyšší správní soud rozhodoval o případu, ve kterém správce daně doměřil plátci spotřební daně z minerálních olejů daň za měsíční zdaňovací období roku 2005. Zároveň však správce daně v rámci daňové kontroly zjistil, že plátce přiznal a zaplatil spotřební daň v měsíčním předstihu. Tuto skutečnost však správce daně nezohlednil a stanovil v konečném důsledku dodatečnou daň o měsíc později, tedy podruhé v měsíci, kdy skutečně vznikla. Za měsíční zdaňovací období leden 2005 a červen 2005 tedy zaplatil stěžovatel na dani více, než činila jeho daňová povinnost. Za tato zdaňovací období však správce daně nevystavil platební výměry.

Podle Nejvyššího správního soudu je správce daně povinen založit své rozhodování na všech okolnostech, které v průběhu daňového řízení vyšly najevo, ať už jsou to okolnosti ve prospěch daňového subjektu, nebo v jeho neprospěch. Nejvyšší správní soud již v dřívějším rozsudku dovodil, že povinnost správce daně vydat dodatečný platební výměr na daň vyšší nebo nižší se neodvozuje od toho, zda k nesprávnému stanovení původní daně došlo v důsledku pochybení daňového subjektu, nebo v důsledku dřívějších nesprávných zjištění samotného správce daně. Povinnost vydat dodatečný platební výměr je dána vždy, když správce daně jakoukoli nesprávnost zjistí při daňové kontrole. Je přitom lhostejné, kdo je původcem této nesprávnosti.