Na rozdíl od konta pracovní doby by měl zaměstnavatel zaměstnancům při nerovnoměrně rozvržené pracovní době vyplácet mzdu za tolik hodin, kolik jich odpracovali, pokud nemají sjednanou měsíční mzdu. Po skončení období, na které je pracovní doba nerovnoměrně rozvržena (v uvedeném případě po uplynutí kalendářního čtvrtletí), zaměstnavatel zaměstnancům buď vyplatí příplatek za práci přesčas, tedy za práci, která přesahuje stanovenou týdenní  pracovní dobu připadající na rozvržené období, nebo jim vyplatí náhradu mzdy ve výši průměrného výdělku (překážka v práci na straně zaměstnavatele) za pracovní dobu, která jim chybí do stanovené týdenní pracovní doby připadající na rozvržené období (z důvodu nepřesně rozvržené pracovní doby zaměstnavatelem).

Pravidlo pro stanovení nároku na dovolenou u zaměstnanců pracujících v režimu nerovnoměrně rozvržené pracovní doby uvedené v § 213 odst. 4 platí i po nabytí účinnosti novely zákoníku práce. Zde je stanoveno, že pokud čerpá dovolenou zaměstnanec s pracovní dobou nerovnoměrně rozvrženou na jednotlivé týdny nebo na období celého kalendářního roku, přísluší mu tolik pracovních dnů dovolené, kolik jich podle rozvržení pracovní doby na dobu jeho dovolené připadá v celoročním průměru. Zaměstnavatel tedy sečte všechny směny, které zaměstnanci připadnou dle rozpisu směn na kalendářní rok, a vydělí je 52 týdny. Tím zjistí, kolik dnů dovolené zaměstnanci připadne na jeden týden (např. pokud zaměstnanci připadne na čtvrtletí 49 směn, připadne mu jich na rok cca  196; pak 196 směn / 52 týdny = 3,77 dne; týden dovolené zaměstnance tedy činí 3,77 dne). Pokud zaměstnavatel poskytuje zaměstnancům 4 týdny dovolené, pak bude mít zaměstnanec nárok na 15 dnů dovolené. Nárok na náhradu mzdy za čerpání dovolené bude mít zaměstnanec za tolik hodin, kolik mu jich z důvodu čerpání dovolené odpadne. Jestliže např. zaměstnanec bude čerpat dva dny dovolené, z nichž jeden den měl pracovat 12 hodin a druhý den 8 hodin, obdrží náhradu mzdy ve výši dvacetihodinového průměrného výdělku.