Paušální výdaj na dopravu, který může uplatnit právnická i fyzická osoba, stále činí v praxi problémy.

Neuplatní-li poplatníci daně z příjmů výdaje na pracovní cesty ve skutečné doložené výši, mohou uplatnit výdaje paušální částkou ve výši 5 000 Kč, resp. 4 000 Kč měsíčně na jedno motorové vozidlo. Zákon o daních z příjmů v § 24 odst. 2 písm. zt) stanoví, že daňovým výdajem je paušální výdaj na dopravu silničním motorovým vozidlem, pokud nebyl uplatněn výdaj na dopravu silničním motorovým vozidlem podle písmene k) tohoto odstavce, ve výši 5 000 Kč na jedno silniční motorové vozidlo za každý celý kalendářní měsíc zdaňovacího období nebo období, za které se podává daňové přiznání, ve kterém poplatník využíval příslušné silniční motorové vozidlo k dosažení, zajištění nebo udržení zdanitelných příjmů a současně toto silniční motorové vozidlo nepřenechal ani po část příslušného kalendářního měsíce k užívání jiné osobě. Za přenechání silničního motorového vozidla k užívání jiné osobě se nepovažuje uskutečnění pracovní cesty silničním motorovým vozidlem spolupracující osobou nebo zaměstnancem, který silniční motorové vozidlo nevyužívá i pro soukromé účely.

Používá-li poplatník některé silniční motorové vozidlo, u něhož uplatňuje paušální výdaj na dopravu, pouze zčásti k dosažení, zajištění a udržení zdanitelného příjmu, lze na takové silniční motorové vozidlo uplatnit pouze část paušálního výdaje na dopravu stanoveného dle předchozí věty ve výši 80 % této částky (krácený paušální výdaj na dopravu). Pokud poplatník u některého vozidla uplatní v souladu s předchozí větou krácený paušální výdaj na dopravu, potom pro účely tohoto zákona platí, že ostatní vozidla, u nichž poplatník v souladu s tímto ustanovením uplatní paušální výdaje na dopravu, užívá výlučně k dosažení, zajištění a udržení zdanitelných příjmů.

Pro účely tohoto zákona se má za to, že poplatník užívá silniční motorové vozidlo, u kterého uplatňuje paušální výdaj na dopravu, výlučně k dosažení, zajištění nebo udržení zdanitelných příjmů, pokud tak prohlásí, není-li prokázáno jinak.

Paušální výdaj na dopravu je možno uplatnit nejvýše za 3 vlastní silniční motorová vozidla zahrnutá nebo nezahrnutá do obchodního majetku nebo v nájmu za zdaňovací období nebo období, za které se podává daňové přiznání. V průběhu zdaňovacího období nelze měnit způsob uplatnění paušálního výdaje na dopravu na způsob uplatnění výdajů podle písmene k) a naopak.

V měsíci pořízení nebo vyřazení silničního motorového vozidla lze uplatnit poměrnou část paušálního výdaje na dopravu.

Využívá-li k dosažení, zajištění a udržení příjmů silniční motorové vozidlo, které je ve společném jmění manželů nebo ve spoluvlastnictví, více poplatníků, mohou si v úhrnu uplatnit paušální výdaj na dopravu nejvýše 5 000 Kč.